Im Zuge der Umstrukturierung hat die Deutsche Bahn bereits Gleise und insgesamt 7 Stationen entlang der Strecke modernisiert. Dazu gehören Merseburg-Bergmannsring, Braunsbedra Ost – zukünftig Pfännerhall genannt –, Krumpa, Mücheln-Stadt, Langeneichstädt, Nemsdorf-Göhrendorf sowie Querfurt. Mit Abschluss der Bauarbeiten sind diese Haltepunkte nun barrierefrei erreichbar. Neue Bahnsteige ermöglichen einen stufenfreien Ein- und Ausstieg – dank einer einheitlichen Bahnsteighöhe von 55 Zentimetern und einer Länge von 90 Metern.
Reisende können sich außerdem auf neue Sitzbänke, Wetterschutzhäuser und Vitrinen freuen, die insgesamt die Aufenthaltsqualität weiter steigern. Neue Fahrgastinformationsanlagen und eine energiesparende LED-Beleuchtung wurden ebenfalls installiert. Für 2028 ist die Modernisierung weiterer fünf Haltepunkte geplant. Auch die beiden Eisenbahnüberführungen am Holzweg und am Graben in Nemsdorf-Göhrendorf sind erneuert worden.